Každé podání vakcíny má své nežádoucí účinky. Účinky může vyvolat antigen, antibiotikum, adjuvancia a stabilizátory. Povětšinou jsou tyto účinky démonizovány a jsou podávány jako těžší než doopravdy jsou.

Základním faktem, který je potřeba si uvědomit je, že inaktivovaná vakcína nemůže způsobit infekční onemocnění, proti kterému je určena.

Běžně se nežádoucí účinky objevují několik hodin po aplikaci a přetrvávají maximálně 2 – 3 dny.

Nejčastěji se objevuje bolest a zarudnutí v místě aplikace. Po očkování živými vakcínami se může také objevit bolest a únava. Po několika dnech se můžou projevit chřipkovité příznaky – ty jsou projevem celkové bakteriemie či viremie.

Výjimečně může dojít také k anafylaktické reakci až anafylaktickému šoku. Nikdy nebylo prokázáno, že by vakcinace způsobovala autismus.

Všechny závažné reakce po očkování je potřeba hlásit ústavu pro kontrolu léčiv.